1966年6月，黄冈地委"文化革命工作组"进驻黄冈中学，成立"文化革命委员会"，接管学校一切工作，原党政组织瘫痪，学校停课。工作组、校文革根据全国形势领导学校运动，组织"红卫兵"，选派代表赴京参加毛主席接见等等。不久，工作团执行"资产阶级反动路线"撤出学校，"文革"被称为"伪文革"，校内成立了几十个群众组织，如教职工的"韶山兵团""东风兵团""古田兵团"等等，学生中则有"扬子江风暴兵团"、"提着脑袋干革命战斗队"等等。学生纷纷外出大串连。"一月风暴"后，一派组织抢公章"夺权"，但并不能统辖所有群众组织，学校处于无政府状态。各派各行其是，互相攻击，但攻击矛头相同的一点就是整"党内走资本主义道路的当权派"，因此，支部书记首当其冲。有专长的行政领导和教师就是"黑帮分子"、"反动学术权威"、"牛鬼蛇神"，或揪斗游街，或打入牛棚，或下园种菜。"红卫兵"还借"破四旧"之风，抄家劫舍，很多教师多年积累的图书资料被当成"毒草"烧毁、变卖、令人痛心疾首。他们还走向社会，捣毁古物，焚烧古籍，造成惨重损失。
1967年，"7・20"事件后，"百万雄师"一派无形解散，"造反派"控制学校。1967年10月，以造反派学生为主体的黄冈中学革命委员会成立。在革委会领导的斗批改中，采取过火斗争，无情打击，"武斗"成风。学校原领导和教师不少人挨了打。化学权威、享誉当年的全省红旗教师王骥同志，不堪忍受挂牌游街之凌辱，1968年5月24日被迫害致死。
到1968年，由于社会上的造反派分裂对立，黄州发生大规模武斗，每次都有本校学生参加。武斗逐步升级，由棍棒长矛发展到真枪实弹。到8月份，几个月中发生了近十次大型武斗，打死十多人，受伤者更多。死者多为工人、菜农。造反派学生还在宿舍里设置刑堂，毒打对立派的"俘虏"，群众称之为"白公馆"。
武头号给学校造成了很大的财产损失。一次武斗，保管室全部实物被洗劫一空；物理实验室的电器元件，几乎被抢光；四万多册图书所剩无几；门窗破碎，满目疮痍，校无宁日。
1968年10月，黄冈地区第一支"工人毛泽东思想宣传队"进驻黄冈中学，收缴武器，解散武斗组织，制止武斗，并把各组织头头集中办学习班，结束了武斗混乱局面，稳定了当时的局势。
接着改组原来以学生为主体的"革委会"，成立新的三结合的革命委员会，工宣队长兼革委会主任，方道南、周维新、程展云等任副主任。接着复课闹革命，主要是把流散在社会上的学生召回学校，作出适当的毕业安排。12月25日，欢送66、67、68三届毕业生上山下乡。
工宣队对知识分子扫行极"左"政策，把领导和教师一批批下放到路口和农场劳动改造。清理阶级队伍时，捕风捉影，无限上纲，形成一种高压气氛，致使原外语教研组长李清教师于1970年3月被迫害致死，语文教师刘白燕被错捕判刑，粉碎四人帮后才得到平反昭雪。
1970年3月，方道南任革委会主任。
1971年6月，开始整党建党。8月，方道南任党支部书记。1972年，方道南调任地区教育局长，1973年韩益增调任党支部书记。
整党建党后，学校工作由党支部主持，工宣队退居次要地位。人数逐渐减少，直到粉碎四人帮后，1977年12月24日，才完全撤离学校。
1969年春，按就近入学的原则招收黄州镇及附近农村1966年以来的小学毕业生入学。编成三个年级，1970年再招一个年级，共四个年级。学制改成初中高中各两年。
复课之初，教学以政治为中心，没有教材，文科主要是读报纸语录。1970年始有省编试用教材。学校工作以"五・七指示"为纲。学工学农的时间长达三分之一。1971年学校工作要点提出要"坚持以学为主的原则，保证上文化课的时间"，并未很好落实。
1972年，周总理提出批极"左"。教育战线召开了关于如何提高文化课教学质量的会议。田忠杰同志带人赴武汉参观。回来介绍了兄弟学校抓教学的经验。教师都很兴奋，有的提出要狠抓"三基本"。可时隔不久，"四人帮"诬蔑抓质量是复辟回潮，大张挞伐。接着又是"白卷英雄"、"小学生日记"、"马振扶事件"，教师们欲干不能，欲罢不忍，无可奈何。1975年，邓小平同志提出要为革命学文化，黄冈中学又兴旺过一阵，很快又被"反击左倾翻案风"摧残了。
这时期教学工作中费力最多的是开门办学活动。整天考虑怎样走出去，走到哪里去，至于有无必要，是不容考虑的。学生曾四次步行去贾庙，多次到江陵大队、鄂城旭光公社等地开门办学。至于到附近工厂农村劳动更不计其数。以至有的社队将学生当劳力，一遇农忙即向学校要人。因此，学校教学长期陷入混乱状态，贻误了一代青年。
"文革"期间贯彻"五七指示"，学工学农需要基地，客观上推动了学校工厂、农场的建设。黄冈中学校办工厂的发展走过曲折的道路。1961年硫酸厂下马后，为配合教学，理化组还办过小型"桌面工厂"，化学组还在"桌面工厂"生产过化肥。1971年为学工需要，先后办过"920"厂、"化织厂"（俗称"猎毛拉丝厂"）、"电机修理厂"、"机械修理厂"等，都因技术、原料、货源、效益种种问题而停办。1973年创办精密铸造厂，张庭良任厂长，带领全体办厂教职工艰苦奋斗，克服困难，因陋就简，白手起家，使工厂逐步发展壮大，收入由初期的7000多元增加1978年的64000余元。
校办农场的创办也经过很多曲折。1960年在江家湾开荒20余亩，后被生产队收走。1961年在新河边开荒，不能保收，后亦放弃。1963年围垦南湖，因距离远，有血吸虫而放弃。1965年，与黄州几个学校联合围垦窝湖，建成校办农场。原来只能种一季小麦，旱涝都不能保收。1970年经过艰苦的增修围堤的劳动，始种水稻。1971年总收水稻87000斤。后来经过挑塘垫基，陆续建起410平方米住宅和教室，可容两个班学生在农场住宿，半天劳动，半天上课。